L’isolement et l’identification d’E. coli sérotype O157:H7 seront nettement meilleurs si on dispose de laboratoires et de techniques de pointe. Les méthodes présentées ici ont pour but d’économiser les ressources et permettent aux techniciens de laboratoire de choisir dans une certaine mesure le protocole et les milieux. Les laboratoires qui ne disposent pas de ressources suffisantes pour adopter les méthodes décrites ici et dans les chapitres suivants ne doivent pas
essayer d’isoler et d’identifier ces pathogènes. Ils doivent de préférence envoyer les échantillons ou les isolements à d’autres laboratoires qui ont l’habitude d’exécuter les procédures en question. Les fournitures de laboratoire nécessaires pour le diagnostic de E. coli O157:H7 sont données en Annexe H.

E. coli O157:H7 fermente rapidement le lactose et ne se distingue pas de la plupart des autres E. coli dans des milieux traditionnels contenant du lactose. Mais contrairement à environ 80% des autres E. coli, pratiquement toutes les souches de E. coli O157:H7 ne fermentent pas le D-sorbitol ou le fermentent lentement. La gélose MacConkey (SMAC) au sorbitol a été mise au point pour profiter de cette caractéristique en remplaçant le lactose par du sorbitol dans la gélose MacConkey et c’est le meilleur milieu pour l’isolement de E. coli O157:H7. Des colonies négatives au sorbitol apparaîtront incolores sur le SMAC (Figure 8-1).

Figure 8-1. Les colonies E. coli O157 sont incolores sur SMAC. Les colonies non E. coli O157 sont roses.

L’enrichissement d’E. coli O157:H7 n’est en principe pas nécessaire pour l’isolement d’organismes provenant de patients gravement malades.

La Figure 8-2 montre comment identifier E. coli O157:H7 à partir d’échantillons de selles. Inoculer SMAC selon le protocole décrit au chapitre 4 (Figure 4-2). Incuber de 8 à 24 heures à une température entre 35 et 37°C. Voir Figure 8-2 pour la procédure d’isolement de E. coli O157:H7. Après 18 à 24 heures d’incubation, la quantité et le type de culture (par exemple, sorbitol positif ou sorbitol négatif) sur SMAC doivent être notés sur des fiches de données pour
les échantillons de chaque patient (Figure 8-3). Les colonies supposées être de l’ E. coli O157:H7 se manifesteront sous forme de colonies incolores d’un diamètre de 2 à 3 mm (Figure 8-1).

Tester les colonies sorbitol négatives choisies sur une gélose SMAC avec un antisérum E. coli O157 ou des réactifs au latex (latex avec anticorps O157 et latex témoin) selon les procédures recommandées par le fabricant. Ces colonies suspectes peuvent être testées avec un antisérum directement à partir du SMAC ou bien repiquées sur un milieu non sélectif (HIA par exemple) et testées le lendemain (certains fabricants de réactifs O157 latex préconisent de tester seulement les colonies provenant directement de la gélose). Si les colonies sont testées directement à partir du SMAC, les colonies positives avec le sérum O157 doivent être transférées sur un autre milieu pour des tests ultérieurs. Une fois qu’une colonie d’une gélose a été identifiée comme positive pour O157, il n’est plus nécessaire de tester d’autres colonies de la même gélose.

Figure 8-2. Procédure d’isolement d’ E. coli O157 à partir des échantillons de selles

Figure 8.3. Fiche E. coli O157:H7

Si on utilise des réactifs au latex O157, il est important de tester les souches avec le latex témoin pour détecter une agglutination non spécifique des organismes avec le latex. Les fabricants des réactifs au latex O157 recommandent de chauffer les souches qui agglutinent avec le latex témoin et le latex réactif et ensuite de les tester à nouveau avec les anticorps O157 et les réactifs du latex témoin. Toutefois, dans une étude qui a utilisé ce procédé, aucune des souches avec agglutination non spécifique n’a été identifiée par la suite comme E. coli O157:H7.

On doit envoyer les isolements positifs pour O157 pour confirmation à un laboratoire de référence. La confirmation de E. coli O157 consiste en l’identification des souches par l’étude des caractères biochimiques des E. coli, les souches de plusieurs espèces pouvant présenter une réaction croisée avec l’antisérum O157. L’identification de l’antigène flagellaire H7 est également nécessaire pour la confirmation. Lors de présence de souches qui sont non mobiles ou qui sont négatives pour l’antigène H7, la production de toxines Shiga devrait être recherchée, afin d’identifier les souches pathogènes. L’identification biochimique, le test de détection de l’antigène H7 et le test de la toxine Shiga sont disponibles dans les laboratoires de référence. Il n’est pas nécessaire de tester la sensibilité aux agents antimicrobiens des souches E. coli O157:H7 (voir chapitre 7).

Préparer suivant les instructions du fabricant. (Note: Il existe plusieurs marques disponibles dans le commerce de gélose de sorbitol-MacConkey. Ce milieu peut être préparé avec des ingrédients séparés mais on obtiendra des résultats bien plus variables que si l’on utilise une formulation déshydratée commerciale.) Stériliser à l’autoclave à 121°C pendant 15 minutes. Refroidir à 50°C et verser dans des boîtes de Pétri. Laisser les couvercles légèrement ouverts pendant 20 minutes pour que la surface de la gélose puisse sécher. Fermer le couvercle et conserver à 4°C pendant un mois maximum. Si on veut conserver le milieu pendant plusieurs jours, mettre les tubes dans des sachets en plastique hermétiquement fermés afin que le milieu ne se dessèche pas. E. coli devrait produire une culture bonne à excellente de colonies roses à rouges. E. coli O157:H7 devrait produire des colonies incolores.

Bopp CA, Brenner FW, Wells JG, Strockbine NA. Escherichia, Shigella et Salmonella. Dans: Murray PR, Pfaller MA, Tenover FC, Baron EJ, Yolken RH, ed. Manual of clinical microbiology, 7th ed. Washington, DC: ASM Press; 1999: 459-47.

Strockbine NA, Wells JG, Bopp CA, Barrett TJ. Overview of detection and subtyping methods. Dans: Kaper JB, O’Brien AD, ed. Escherichia coli O157:H7 and other Shiga toxin-producing E. coli strains. Washington, DC: ASM Press; 1998: 331-356.

Organisation Mondiale de la Santé. Prevention and control of enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) infections. Rapport d’une consultation de l’OMS. Genève, Suisse, 28 avril-1er mai 1997. WHO/FSF/FOS/97.6.