Les deux types les plus courants de diarrhée épidémique dans le Tiers Monde
sont la diarrhée aqueuse causée par V. cholerae sérogroupe O1 et la diarrhée
sanglante causée par Shigella dysenteriae sérotype 1 (Sd1). Ce chapitre présente
une vue d’ensemble des organismes qui sont à l’origine de la dysenterie et du
choléra épidémiques. La connaissance de l’épidémiologie et de la présentation
clinique de ces organismes permettra de mieux saisir le bien-fondé des
procédures au cours des chapitres suivants.

Le choléra est une maladie diarrhéique sécrétoire causée par des souches de
V. cholerae produisant une entérotoxine. Plus de 150 groupes sérologiques de V.
cholerae ont été identifiés mais, pendant des décennies entières, on ne
connaissait que V. cholerae O1 toxinogène comme cause du choléra épidémique.
Après une épidémie importante en Asie en 1992 et en 1993, on s’est rendu
compte que le groupe sérologique V. cholerae O139 pouvait déclencher des
épidémies similaires à celles qui avaient été causées par V. cholerae O1. Dans les
directives de l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS), V. cholerae O1 et
O139 sont désormais classés comme causes reconnues du choléra en doivent
être notifiés de la même manière. Des souches de V. cholerae non O1 et non
O139 peuvent être sources de maladies mais ne posent pas le même problème de
santé publique que les groupes sérologiques O1 et O139.

Des détails supplémentaires sur l’épidémiologie, les antécédents historiques,
les manifestations cliniques et le traitement du choléra sont présentés au chapitre 5.

La dysenterie, définie comme une diarrhée avec du sang visible dans les
selles, peut être causée par de nombreux organismes différents dont Shigella
spp.,E. coli O157:H7 entérohémorragiques, Campylobacter jejuni,E. coli
entéro-envahissants (ou entéro-invasifs), Salmonella spp. et plus rarement
Entamoeba histolytica. Parmi ces organismes, les seuls connus pour causer de
graves épidémies sont les espèces Shigella dysenteriae type 1 (Sd1) et, avec une
fréquence nettement moins important, E. coli O157:H7. Pour des détails
supplémentaires sur l’épidémiologie, les manifestations cliniques et le traitement
de l’infection à Sd1, se reporter au chapitre 3.

Bien qu’elle soit rare,E. histolytica, une espèce d’amibe parasitaire, n’en
mérite pas moins qu’on lui prête attention.E. histolytica est une cause
occasionnelle de dysenterie, surtout chez les jeunes adultes, mais elle ne cause pas d’épidémie. Toutefois l’infection asymptomatique àE. histolytica est
fréquente dans les pays en développement, pouvant atteindre jusqu’à 10% des
personnes saines. L’examen des échantillons doit être réalisé par un expert en
microscopie car il s’agit de faire une distinction entre cet organisme, les amibes
non pathogènes et les globules blancs qui sont parfois confondus avec des
trophozoïtes amibiens. Dans certaines épidémies de dysenterie imputables à Sd1,
E. histolytica a été identifié et, au départ, on pensait que cet organisme était
effectivement la cause de la flambée de cas. A cause de ce diagnostic incorrect,
des personnes souffrant de dysenterie ont été traitées avec des antiamibiens, ce
qui a engendré une transmission continue de Sd1 et une mortalité excessive que
l’on aurait pu éviter. Le fait de trouverE. histolytica dans des selles sanglantes
pendant une épidémie de dysenterie ne signifie pas que c’est la cause de
l’épidémie ni même d’ailleurs que c’est la cause de la dysenterie chez un patient
pris individuellement.

E. coli O157:H7 a déclenché au moins une flambée de cas de dysenterie en
Afrique australe. On pense qu’il en a causé d’autres, mais il n’existe pas de
preuves microbiologiques pour le confirmer.E. coli O157:H7 est traité dans ce
manuel pour que les agents de laboratoire aient connaissance de cet organisme et
soient en mesure, le cas échéant, de l’identifier. En effet, il peut à nouveau
émerger et provoquer d’autres épidémies et les laboratoires doivent y être
préparés.

Des détails supplémentaires sur l’épidémiologie, les antécédents historiques,
les manifestations cliniques et le traitement de Sd1 sont présentés au chapitre 7.

L’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) recommande aux pays à risque
de mettre en oeuvre un comité de lutte contre l’épidémie. Comme le laboratoire
joue un rôle important au niveau de l’identification de l’agent causal de l’épidémie et des mesures de lutte contre celles-ci, il faudra prévoir la présence d’un microbiologiste au sein du comité de lutte contre l’épidémie.

Le premier rôle qui incombe à un laboratoire est de se préparer à l’épidémie
dans les pays à risque d’épidémie de dysenterie ou de choléra. Cela signifie qu’il
doit notamment disposer de l’équipement (ou avoir accès facilement à cet
équipement) nécessaire pour identifier V. cholerae O1/O139 et Shigella. Les
Annexes A et B de ce manuel établissent une liste des fournitures de laboratoire
indispensables pour l’isolement, l’identification et les tests de résistance aux
antimicrobiens. Il convient de créer un réseau national de laboratoires de santé
publique (voir Annexe C). Tous les pays devraient être équipés au moins d’un
laboratoire national ou central capable d’identifier V. cholerae et Shigella spp.,
de déterminer la sensibilité aux antimicrobiens et d’envoyer des souches à un
laboratoire de référence international (Annexe D).

Afin de déterminer de manière exacte et reproductible les profils de résistance
aux antimicrobiens des pathogènes bactériens, un laboratoire doit investir pour
s’équiper de l’infrastructure adéquate. Ces investissements sont les suivants: approvisionnement régulier en matériel et en fournitures nécessaires pour réaliser
les tests; personnel qualifié, approprié, possédant l’expérience pour réaliser les
tests et disposant du temps nécessaire, du matériel et des fournitures pour
maintenir son expertise; contrôle de qualité du personnel, des fournitures et des
réactifs. Les épreuves de sensibilité aux antimicrobiens faisant appel à une
importante utilisation des ressources, l’OMS recommande de réaliser les
épreuves de résistance aux antimicrobiens seulement dans un ou deux
laboratoires du pays. Les laboratoires périphériques peuvent effectuer un
premier travail d’isolement de Vibrio spp. ou Shigella spp. et ensuite les faire
parvenir au laboratoire central ou national pour une confirmation finale et une
détermination de la sensibilité aux antimicrobiens. Les laboratoires périphériques
peuvent également réaliser des études ciblées pour déterminer la nature des
agents étiologiques responsables de l’épidémie. Les laboratoires de premier
niveau devraient disposer de milieux de transport et de l’équipement nécessaire
pour envoyer les spécimens au laboratoire de niveau supérieur ou au laboratoire
central.

Diagnostic des épidémies
Si l’on suspecte une épidémie, le laboratoire déterminera le germe qui en est
responsable et sa sensibilité aux antimicrobiens. Une épidémie peut être
suspectée à partir de bases cliniques: par exemple, le système de surveillance
fondé sur le diagnostic clinique de la diarrhée peut noter une augmentation des
cas de diarrhée. Le laboratoire devra être mobilisé dès que possible pour identifier
l’agent responsable. Tout cela n’est possible que s’il existe une bonne communication entre le laboratoire, les épidémiologistes, les cliniciens et les
agents des services sanitaires.

Il arrive que le laboratoire soit le premier à suspecter une épidémie. Les
techniciens du laboratoire notent un accroissement du nombre d’examens de
selles demandés, de la proportion de spécimens de selles contenant du sang ou la
présence d’un nouveau germe. Si un technicien de laboratoire suspecte une
épidémie, il doit contacter au plus vite les cliniciens et les autorités sanitaires
compétentes.

Une fois que le germe responsable de l’épidémie a été identifié, il n’est pas
nécessaire d’examiner un nombre important de spécimens de selles. Les patients
peuvent être traités en fonction de leurs syndromes.

Diagnostic d’une épidémie de dysenterie
Lorsqu’on soupçonne une épidémie de dysenterie, la cause la plus courante
dans la plupart des pays est Sd1. Lors d’une flambée de cas ou d’une épidémie
de dysenterie, Sd1 sera isolé bien plus souvent que les autres organismes
responsables de la dysenterie. Par conséquent, le laboratoire doit utiliser
raisonnablement ses ressources et, selon les directives de l’OMS, une fois que le
rôle de Sd1 vis à vis de l’épidémie est confirmé, les patients atteints de
dysenterie qui viennent consulter dans les services de santé devront être traités
initialement comme s’ils étaient infectés par Sd1. Aussi, n’est-il pas nécessaire
pour le laboratoire d’examiner les selles de tous ces patients, ce qui serait un
gaspillage de ressources. Il vaut mieux prélever des spécimens d’un petit groupe
de patients pendant une épidémie ou de conduire une surveillance périodique des
microorganismes en cause dans la dysenterie (voir ci-après).

Si Sd1 n’est pas isolé, le laboratoire doit faire des tests de détection deE. coli
O157:H7. Si aucun de ces germes n’est isolé, des mesures doivent être prises
pour envoyer les spécimens de selles à un laboratoire de référence.

Outre Sd1 etE. coli O157:H7, un certain nombre d’organismes contribuent,
dans des proportions plus ou moins grandes, à la morbidité liée aux dysenteries
dans un pays. Les principales causes de dysenterie varient selon le lieu
géographique et la période de l’année. Des pics saisonniers peuvent se produire
et refléter des changements dans les proportions des divers organismes
responsables. Il serait bon pour les laboratoires d’effectuer des enquêtes
périodiques sur les organismes responsables de dysenterie afin de suivre les
profils de sensibilité aux agents antimicrobiens et ainsi, d’aider les cliniciens et
les responsables de la santé publique à formuler des directives rationnelles pour
le traitement empirique. L’Annexe E contient les procédures à suivre pour
réaliser de telles enquêtes.

Diagnostic d’une épidémie de choléra
Si l’on soupçonne une épidémie de choléra, la cause la plus courante à
rechercher est V. cholerae O1. Si V. cholerae O1 n’est pas isolé, alors le
laboratoire doit faire des tests de détection de V. cholerae O139. Si aucun de ces
organismes n’est isolé, il faut envoyer les spécimens de selles à un laboratoire de
référence.

L’infection causée par V. cholerae O139 doit être traitée et notifiée de la
même manière que celle qui a été causée par V. cholerae O1. Les maladies
diarrhéiques connexes doivent être appelées choléra et doivent être notifiées
comme cas de choléra auprès des autorités sanitaires compétentes.

Il faut tester la sensibilité aux antibiotiques sur les 30 à 50 premiers germes
identifiés par le laboratoire en début d’épidémie. Ce nombre permettra de
dégager une information suffisante pour formuler la stratégie de traitement.
Ensuite, le laboratoire devra effectuer des enquêtes périodiques pour détecter les
changements des profils de résistance aux antimicrobiens (voir Annexe E).

Le laboratoire ne devrait pas tester d’antimicrobiens non disponibles dans le
pays ou non recommandés par l’OMS comme efficaces pour traiter le choléra
ou la dysenterie (voir chapitres 3 et 5). De plus, si pendant la première série
d’examens, tous les germes sont résistants à un antimicrobien donné (par
exemple, résistance de Sd1 à l’ampicilline ou au sulfaméthoxazoletriméthoprime),
il est inutile de retester cet antimicrobien ultérieurement.

Une fois les germes isolés et les profils de résistance aux antimicrobiens
testés, ces résultats devront être communiqués aussi rapidement que possible
aux services nationaux de santé et d’épidémiologie. En effet, ils seront utilisés
pour orienter les choix concernant la stratégie thérapeutique.

Il est utile d’envoyer de 10 à 20 isolements initiaux à un laboratoire de
référence international pour confirmation de l’identification et des profils de
résistance aux antimicrobiens (Annexe D).

Au cours de l’évolution de l’épidémie, il faudra réaliser des enquêtes
périodiques sur 30 à 50 isolements de l’organisme épidémique pour détecter des
changements dans les profils de résistance aux antimicrobiens du germe
responsable de l’épidémie. Ces études doivent être faites soit bimestriellement
soit semestriellement, selon les conditions et les ressources. Tout changement
remarqué doit être communiqué aux services d’épidémiologie et de santé
publique afin que la politique de traitement par antimicrobiens soit modifiée. Si
les changements sont importants, il est utile d’envoyer les souches à un
laboratoire de référence international pour confirmation (Annexe D).

Le laboratoire peut aider à déterminer la fin de l’épidémie, en particulier
lorsqu’il s’agit de choléra. Au cours d’une épidémie, le nombre de cas peut
diminuer pour différentes raisons: variation saisonnière, transition vers un état
endémique ou disparition du choléra d’une zone. Le choléra peut disparaître
presque entièrement lorsqu’il fait froid et réapparaître quand la chaleur revient.
Le laboratoire peut aider à déterminer si l’épidémie a effectivement pris fin en
analysant périodiquement des échantillons de selles provenant de patients atteints
de diarrhée aqueuse aiguë. Pour qu’une région soit déclarée exempte de choléra
par l’OMS, il faut qu’une période d’incubation d’une durée totale de 10 jours se
soit écoulée avec absence de traces de V. cholerae O1/O139. Mais, étant donné
les variations saisonnières, il faut maintenir la surveillance pendant au moins 12
mois.

La dysenterie épidémique varie également selon les saisons. Le laboratoire
peut analyser périodiquement les échantillons de selles provenant de patients
souffrant de cette maladie pour déterminer si Sd1 est toujours présent dans une
zone donnée.

Outre les principales fonctions citées ci-dessus, le laboratoire peut soutenir
d’autres activités se rapportant à l’épidémie.

Études épidémiologiques
Parfois, le laboratoire pourra apporter une contribution lors d’une enquête
épidémiologique nécessitant la réalisation d’études en laboratoire. Combinant
des données épidémiologiques et biologiques, les études sur les modes de
transmission ou sur les facteurs de risque de la maladie peuvent être plus
précises et dégager une information utile pour lutter contre l’épidémie.

Définir l’ampleur de l’épidémie et améliorer les données de surveillance
Les cultures effectuées chez un certain nombre de patients qui répondent à la
définition d’un cas pendant une épidémie peuvent déterminer la valeur prédictive
de cette définition. De telles études confirmeront l’exactitude de la définition des
cas utilisée pour la surveillance et brosseront un tableau plus exact de l’ampleur
de l’épidémie.

De plus, le laboratoire devra probablement intervenir pour soutenir d’autres
activités, par exemple le suivi environnemental de V. cholerae O1/O139. Ces
demandes peuvent obérer les ressources du laboratoire; il est donc important
que le microbiologiste participe à la prise de décisions afin de déterminer si le
laboratoire dispose des capacités nécessaires et s’il s’agit effectivement d’un
emploi judicieux de ses ressources.

Équipe spéciale sur la lutte contre le choléra. Guidelines for cholera control. Genève: Organisation mondiale de la Santé; 1992. Publication no. WHO/CDD/ SER/80.4 Rev4.

Organisation Mondiale de la Santé. Guidelines for the control of epidemics due to Shigella dysenteriae1. Genèv: OMS; 1995. Publication no. WHO/CDR/ 95.4.

Organisation Mondiale de la Santé. Prevention and control of enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) infections. Rapport d’une consultation de l’OMS. Genève, Suisse, 28 avril-1er mai 1997. WHO/FSF/FOS/97.6.

Organisation Mondiale de la Santé. Epidemic diarrhoeal disease preparedness and response: training and practice. Manuel du participant. Genève: OMS; 1997. Publication no. WHO/EMC/DIS/97.3.